本局設下列處、室、委員會:
一、國家安全維護處,分四科辦事。
二、廉政處,分五科辦事。
三、經濟犯罪防制處,分四科辦事。
四、毒品防制處,分三科辦事。
五、洗錢防制處,分三科辦事。
六、資通安全處,分五科辦事。
七、國內安全調查處,分四科辦事。
八、保防處,分四科辦事。
九、國際事務處,分五科辦事。
十、兩岸情勢研析處,分四科辦事。
十一、諮詢業務處,分四科辦事。
十二、鑑識科學處,分五科辦事。
十三、通訊監察處,分四科辦事。
十四、督察處,分二科辦事。
十五、總務處,分五科辦事。
十六、公共事務室,分二科辦事。
十七、秘書室,分二科辦事。
十八、人事室,分三科辦事。
十九、會計室,分三科辦事。
二十、政風室,分二科辦事。
二十一、研究委員會。