秘書室設二科，掌理事項如下：
一、機密文書之收發、陳轉及處理。
二、印信典守。
三、國會聯絡工作。
四、施政計畫之彙整、管制及考核。
五、重要會議之籌劃及議事之處理。
六、局內跨單位事務之聯繫、協調及綜合業務。
七、緊急重大事件相關資料之接收、通報與辦公以外時間電話轉接及受理
    檢舉。
八、外勤單位整體業務績效之考核。
九、受理國家賠償事件之秘書業務。
十、其他有關機要、秘書事項。