督察處設二科，掌理事項如下：
一、督察業務之規劃、指導及督察之考核。
二、員工申訴案件之處理。
三、員工風紀查察、維護及違紀案件之調查。
四、各單位對本局重要工作計畫及上級重要命令執行情形之檢查。
五、本局考績委員會審議懲戒、懲處案件之秘書業務。
六、綜理及執行國家情報工作人員之安全查核業務。
七、本局國家情報工作督察小組之秘書業務。
八、駐衛警察及武器彈藥管理。
九、其他有關風紀考核、業務監督及查察事項。