保防處設四科，掌理事項如下：
一、全國保防工作會報、督導小組會報、地區保防工作執行會報、調查機
    關與政風機構業務聯繫會報之規劃、聯繫、協調及執行。
二、機密保護工作之規劃、指導、查處及考核。
三、防制滲透資料之蒐集、研析、運用及處理。
四、機關安全防護工作之規劃、指導、研析及考核。
五、國民保防教育與宣導之規劃、協調、推動及執行。
六、安全查核工作之規劃、調查及處理。
七、其他有關保防業務事項。