一、管教人員發現收容人疑似遭受性侵害，應立即通報中央台、戒護科長或督勤官。
二、中央台接獲疑似性侵害案件通報，應即派員將加害人與被害人分別隔離，男性收容於隔離舍（女性收容於女所隔離房），以避免被害人遭受脅迫或其他不利情事。
三、戒護科應指定科員（女所由女所主任或資深主管）調查瞭解性侵害事件及其發生原因，並蒐集監視錄影資料及相關證據、製作筆錄及調查報告。
四、原場舍開立加害人與被害人之「收容人重要行狀通報單」，並由隔離舍日、夜勤場舍主管加強管理與戒護（女所由女性主管為之）。
五、衛生科應提供被害人適當之醫療協助。必要時，戒護外醫診治並開立驗傷診斷書。
六、通報性侵案件調查結果，如下：
（一）戒護科長（女所主任）或督勤官，以電話或其他最迅速之方式向法務部矯正署報告，並填具「重大事件通報表」傳真通報矯正署「囚情動態通報中心」。另事件處理過程中應隨時通報案情之後續發展。
（二）輔導科應填具內政部家庭暴力及性侵害防治委員會訂定之「性侵害犯罪事件通報表」，於 24 小時內以電信傳真或其他科技設備傳送等方式，通報嘉義縣家庭暴力及性侵害防治中心；情況緊急時，得先以言詞、電話通訊方式通報，並於 24 小時內補送通報表。
（三）針對未滿 18 歲之少年辦理通報時，應一併副知嘉義地方法院。
（四）辦理通報時應注意維護被害人之秘密及隱私，不得洩漏或公開。
七、輔導科應提供被害人適當之保護、輔導及法律等協助，並告知如何追訴與求償，必要時轉介專業人員輔導。此外，得依成年被害人之意願由輔導科適時通知其最近親屬，另未滿 18 歲之少年則通知其監護人、交付執行的法院與觀護人。
八、戒護科（女所）應對加害人辦理違規、列管，並配合輔導科施以輔導。對於疑似觸犯刑事法律之案件，檢具相關事證移送嘉義地檢署依法偵辦。
九、戒護科（女所）應針對性侵害事件發生原因及經過，進行內部檢討，列舉缺失改進事項及預防措施，積極改善，避免類似事件發生。
十、本處理作業流程提所務會議通過後實施之，修正時亦同。