衛生科職掌如下：
一  本所之衛生計畫與設施之保管及指導事項。
二  傳染病之預防事項。
三  受戒治人之藥癮戒治事項。
四  受戒治人身體健康檢查與尿液之採集及檢驗事項。
五  受戒治人疾病之治療及轉診事項。
六  受戒治人心理輔導及心理疾病治療事項。
七  病舍之管理事項。
八  藥品調劑、儲備及醫療器械之管理事項。
九  環境衛生清潔之檢查及指導事項。
一○  受戒治人疾病或死亡之呈報及通知事項。
一一  其他有關衛生事項。