衛生科職掌如下：
一  關於本所之衛生計畫及其設施之保管與指導事項。
二  關於傳染病之預防事項。
三  關於受戒治人藥癮戒治事項。
四  關於受戒治人身體健康檢查及尿液之採集、檢驗事項。
五  關於受戒治人疾病之治療及轉診事項。
六  關於受戒治人心理輔導及心理疾病治療事項。
七  關於病舍之管理事項。
八  關於藥品調劑、儲備及醫療器械管理事項。
九  關於環境衛生清潔檢查、指導事項。
一○  關於受戒治人疾病或死亡呈報及通知事項。
一一  其他有關衛生事項。