本署設下列組、室： 一、綜合規劃組，分三科辦事。 二、防貪組，分三科辦事。 三、肅貪組，分四科辦事。 四、政風業務組，分三科辦事。 五、秘書室，分二科辦事。 六、人事室。 七、主計室。 八、北部地區調查組，分四科辦事。 九、中部地區調查組，分三科辦事。 十、南部地區調查組，分三科辦事。