一、國家安全法(以下簡稱本法)施行後，非現役軍人之刑事案件全部由司法機關偵審；現役軍人犯陸海空軍刑法及其特別法以外之罪，而屬刑法第六十一條所列各罪案件，亦同。

二、檢察機關對於軍事審判機關於解嚴之日移送司法機關刑事案件之處理方法如下：

(一)偵查中案件：由該管檢察署檢察官繼續偵查。

(二)審判中案件：由該管檢察署檢察官實行公訴。

(三)聲請非常審判案件：由最高檢察署檢察總長處理。

(四)執行案件：由該管檢察署檢察官指揮執行。

三、前點第一款所稱偵查中案件，係指軍事審判機關審判第一項之非現役軍人及現役軍人刑事案件，於解嚴之日，尚未偵查終結提起公訴或處分不起訴，及已處分不起訴尚在再議期間或聲請再議中者而言。第四款所稱執行案件，係指是軍事審判機關審判確定之非現役軍人刑事案件，於解嚴之日尚未執行或在執行中者而言。

四、前點偵查中案件，於解嚴之日移送該管檢察署檢察官偵查者，內亂罪、外患罪、妨害國交罪及殘害人群治罪條例案件，移送該管高等檢察署或其檢察分署檢察官。其他案件，移送該管地方檢察署檢察官，其已送上級軍事審判機關審核再議尚未終結案件，移送該管高等檢察署或其檢察分署檢察長。

五、依前點規定移送該管檢察署檢察官偵查者，應適用刑事訴訟法規辦理。

六、檢察官辦理現役軍人刑事案件，應注意軍事審判法第四十八條之規定。

七、檢察官處理軍事審判機關移送在押被告之刑事案件，應即訊問，於認有刑事訴訟法第七十六條所定情形且有必要時，應依法予以羈押，如無刑事訴訟法第七十六條所定情形或認無羈押之必要者，應依法為適當之處理。

八、被告在軍事審判機關之羈押期間，應合併算入檢察官之羈押期間，不得更新計算。

九、依前點合併計算之羈押期間將屆滿未經起訴而有繼續羈押之必要者，應注意於期間未滿前聲請該管法院裁定延長羈押期間。

十、軍事審判機關審判確定之非現役軍人刑事案件，於解嚴後，不得向該管法院提起上訴或抗告。但有刑事訴訟法所定再審或非常上訴之原因者，得依該法聲請再審或非常上訴。

十一、檢察官發見本法第九條第二款之刑事確定裁判，有刑事訴訟法所定再審或非常上訴之原因者，應即依同法所定程序向該管法院聲請再審或聲請最高檢察署檢察總長提起非常上訴。

十二、依前點規定聲請再審者，內亂、外患案件由該管高等檢察署或其檢察分署檢察官向該管高等法院或其分院聲請。其他案件，初審確定者，由該管地方檢察署檢察官向該管地方法院聲請，覆判確定者，由該管高等檢察署或其檢察分署檢察官向該管高等法院或其分院聲請。

十三、刑事訴訟法第四百二十六條第一項所稱原審法院，係指原審級之法院而言，並非指為判決之原法院。檢察官依前項規定聲請再審者，應向刑事訴訟法第五條第一項所定有管轄權之同審級法院為之。

十四、解嚴後，軍事檢察官發見本法第九條第二款之刑事確定裁判，有再審或非常上訴之原因，經由該管長官函請該管檢察署檢察官或最高檢察署檢察總長處理者，檢察官及檢察總長應即依刑事訴訟法規定辦理。