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一、原國防部軍備局所屬中山科學研究院於一百零三年四月十六日改制為行政法人「
    國家中山科學研究院」（下稱中科院）後，已非本要點所稱之「軍事機關」，惟
    中科院執行業務常有涉及國家機密、軍事機密或國防秘密之事項時，應由國防部
    比照國防部軍備局及其所屬機關（構）相關規定予以機密之核定與等級變更，並
    善盡監督中科院保護機密之責。又中科院依政府採購法第一百零五條第一項第三
    款規定辦理採購時，視為公務機關，國防部視為其上級機關，故雖中科院改制後
    ，已非軍事機關，惟基於保護國家機密、軍事機密或國防秘密，確保國家安全及
    利益，實有建立檢察機關辦理刑事案件與中科院聯繫平台及機制之必要，而準用
    本要點之規定，爰修正第一項規定。
二、另配合行政院組織調整於一百零七年四月二十八日成立海洋委員會，行政院海岸
    巡防署改隸為海洋委員會海巡署，持續執行海域及海岸巡防執法工作，爰併同修
    正第一項規定。

一、國家安全局與行政院海岸巡防署亦有部分人員係現役軍人，為利刑事案件之偵辦
    ，爰於第一項明定檢察機關辦理刑事案件有與國家安全局、行政院海岸巡防署聯
    繫之必要時，準用本要點之規定。
二、為利刑事案件之偵辦，於第二項明定司法警察機關（如內政部警政署及所屬警察
    機關、法務部調查局及所屬調查機關、法務部廉政署或行政院海岸巡防署及所屬
    有司法警察權之機關）辦理刑事案件有與軍事機關聯繫之必要時，準用本要點之
    規定。