衛生科職掌如下：
一、本所之衛生計畫與其設施之保管及指導事項。
二、傳染病之預防事項。
三、受戒治人藥癮戒治事項。
四、受戒治人身體健康檢查與尿液之採集及檢驗事項。
五、受戒治人疾病之治療及轉診事項。
六、受戒治人心理輔導及心理疾病治療事項。
七、病舍之管理事項。
八、藥品調劑、儲備及醫療器械之管理事項。
九、環境衛生清潔之檢查及指導事項。
十、受戒治人疾病或死亡呈報及通知事項。
十一、其他有關衛生事項。